El museo fue inaugurado el 20 de mayo de 2005 y reúne cerca de 120 piezas, 350 documentos históricos y 240 horas de grabación. Sus salas museográficas albergan fotografías de personajes importantes de la época, documentos de inicios de la Cristiada, objetos pertenecientes a los protagonistas de dicha guerra y una explicación cronológica sobre los eventos de la Cristiada.

Los interesados en el tema, tendrán a su alcance un centro de consulta integrado por copias de los documentos resguardados en el Centro de Estudios, además de un mapa que ilustra las principales batallas libradas en el Estado de Jalisco.