El Colegio Noviciado de San Francisco Javier —destinado a la instrucción y formación de jóvenes que ingresaban a la Compañía de Jesús— y su templo forman parte de las obras barrocas más representativas del siglo XVIII del país. En 1933, el recinto se nacionalizó y se clasificó como monumento histórico. El 1 de septiembre de 1964, después de trabajos de restauración, se inauguró el Museo Nacional del Virreinato, con el objetivo de albergar, conservar y difundir los bienes históricos y culturales de dicho periodo.

Las obras se clasifican de acuerdo con los materiales utilizados en su elaboración, uso y procedencia. Las esculturas destacan por la calidad de su tallado, en particular por la técnica del estofado y elementos como los ojos de vidrio, lágrimas de cristal y dientes naturales; en la orfebrería, principalmente de plata dorada, se aprecian las técnicas y corrientes estilísticas del periodo virreinal; los textiles, como capas, estolas y casullas, son una fiel expresión del arte ornamental religioso; el arte plumario, herencia del México prehispánico, fue combinado con la pintura al óleo; y, por último, en el mobiliario se aprecian estilos como el barroco, renacentista y neoclásico.

En el espacio museístico, se aprecian los retablos barrocos del siglo XVIII de la iglesia de San Francisco Javier; la capilla de los Novicios, decorada con los escudos de las primeras órdenes religiosas que evangelizaron la Nueva España; la biblioteca antigua, que resguarda libros de los siglos XVI, XVII y XVIII; y las distintas áreas que formaban parte de la vida cotidiana, como la cocina, la cava, el frigorífico, el refectorio y la huerta.

El espacio cuenta con seis salas de exposición permanentes:

• Museo Histórico (de 718 m²)
• Monjas Coronadas (de 330 m²)
• Artes y Oficios (de 442 m²)
• Personajes Novohispanos (de 126 m²)
• Oriente en Nueva España (de 233 m²)
• Jesuitas (de 147 m²)

• Refectorio
• Huerta
• Claustro bajo del Noviciario
• Patio de Cocinas

1 de septiembre de 1964