Formado a partir de donaciones institucionales y públicas, tiene como objetivo adquirir materiales, catalogar, preservar y actualizar el acervo bibliográfico con la finalidad de proporcionar diferentes servicios dirigidos a investigadores, maestros, alumnos, artistas y público en general.

El Museo posee un acervo de libros y publicaciones periódicas especializados en la ciudad de Mérida, con temáticas diversas que van desde la Cultura Maya hasta el que hacer actual de la Ciudad y el Estado.

El acervo bibliográfico se localiza en el segundo piso del Museo.