Ubicado en un inmueble construido exprofeso de 1999 a 2001. Tiene por objeto coleccionar, investigar, preservar y difundir el patrimonio natural y cultural del pueblo de Malinalco.

Contempla temas arqueológicos, etnológicos, zoológicos, botánicos y artísticos referentes a la región de Malinalco. Los objetos y recursos museográficos expuestos están distribuidos simbólicamente en las salas del museo.
En 2002, recibió del Instituto Nacional de Antropología e Historia el premio Miguel Covarrubias, otorgado al mejor proyecto de museo abierto al público.

Sala de fiestas: Reseña de la vida y obra del Dr. Luis Mario Schneider, el tiempo cíclico, el ceremonial y su representación en el tiempo religioso, la Malinalli.

• Sala de lluvias o celeste: Productos vegetales de Malinalco, sus usos, herramientas y distintos elementos culturales ligados a ellas. Reproducción de algunos elementos pictóricos y arquitectónicos de la parroquia del Divino Salvador y el convento agustino. Colección de mariposas diurnas. Reproducción de deidades relacionadas con el agua y la producción agrícola. Botamen.
• Sala de inframundo:
• Mapa de la ubicación de Malinalco en el tiempo y en el espacio. Pieza escultórica de Ehécatl. Mural Malinalli de Leopoldo Flores. Reproducción de petroglifos y pinturas rupestres de la región. Reproducción escultórica de la Malinche. Bajo el piso de vidrio diversas charolas con objetos confiados al museo por la comunidad representando ofrendas enterradas, así como diversas piezas escultóricas. Reproducción de la cueva del Señor de Chalma (se exhibe un documental alusivo al santuario con texto original de Luis Mario Schneider).
• Sala de secas o superficie:
• Muestra una secuencia cronológica en sentido figurado de las conquistas en Malinalco, desde el año 1200 a. C. hasta nuestros días. Representación de la llamada muerte niña. Reproducción de la pintura mural que representa una procesión de guerreros ubicada en la zona arqueológica de Malinalco. Réplica de los instrumentos musicales Tlapanhuéhuetl y teponaxtli. Cajonera con parte de las donaciones de objetos arqueológicosrecibidos de los vecinos de Malinalco.
• Cuauhcalli:
• Reproducción a tamaño real del templo monolítico conocido como Cuauhcalli o casa de las águilas.

Cuenta con una sala temporal

18 de mayo de 2001