El Archivo Municipal concentra diversos documentos manuscritos e impresos, fotografías y mapas de la Ciudad de Huajuapan de León. Se encuentra dividido en cinco secciones:

-Periodo colonial (1594 a 1821); concentra los documentos más antiguos de la ciudad.
-Cabildo (1820 a 2006); resguarda todos los libros de actas de cabildo y acuerdos del ayuntamiento.
-Presidencia (1914-);oficios, circulares, padrones y estadísticas, censos, elecciones y nombramientos.
-Tesorería (1932-); cuentas y cortes de caja, ingresos, egresos, presupuestos y recaudaciones.
-Junta Municipal; conscriptos del servicio militar.