Los archivos contienen información referente a la orden de San Diego. Estos fueron rescatados en la década de los 70, cuando el material fue enviado a la Dirección de Restauración del Patrimonio Cultural del INAH, con el objetivo de ser limpiados y restaurados; posteriormente, estos documentos fueron devueltos al museo. El acervo está organizado en tres grandes secciones: Gobierno, Justicia y Pecuniaria. Cuenta con aproximadamente 800 documentos manuscritos, más algunos extras impresos, resguardados en 17 cajas. La datación de estos documentos va desde el siglo XVII y hasta el XIX. Entre estos documentos se encuentran recibos, donaciones, pleitos entre los habitantes de San Mateo Churubusco y los frailes por la pertenencia de un ojo de agua, testamentos, inventarios, quejas, litigios, cartas de poder, escrituras, etc.

En la primera mitad del siglo XIX, el convento fue utilizado para convento y noviciado, en 1847 fue utilizado como bastión ante la invasión de Estados Unidos de América. Después de la guerra, los frailes regresaron al inmueble y permanecieron en él hasta la promulgación de las leyes de reforma. A finales del siglo XIX, el convento fue utilizado como hospital militar para enfermos contagiosos. En 1919 se creó el Museo Histórico de Churubusco, promovido y financiado por la Universidad Nacional. Así, es posible observar cómo la información del archivo refleja las actividades que se han desarrollado en el convento a través del tiempo.