Emmanuel Mora inició su carrera profesional en 1982. Ha participado en gran parte de los ciclos y festivales culturales del país. Cuenta con una amplia discografía en el mundo del jazz y la fusión en México, la cual incluye sus cuatro discos como solista: Estaciones, Songo Wes, Body and Soul y Huellas. Ha tocado con grandes figuras del jazz nacional e internacional. En 2004 ganó la beca del FONCA en la especialidad de intérpretes, para realizar un trabajo de transcripción y estudio de la música del saxofonista Charlie Parker. En ese año también grabó el disco Afroamérica, del grupo de jazz latino Jazz Son 4, y realizó, como productor artístico, el segundo disco de la cantante haitiana Silvy Henry; participó en el disco Migraciones de Alejandro Mora. En 1999 grabó con Xamán el disco Huracán y abrió el concierto del célebre trompetista Randy Brecker, realizado en Cuernavaca, Morelos. Participó en la grabación del disco Andean Nights, del compositor y productor César Regino. En 1998, con la grabación del primer disco de Xamán, Majazz, inició una serie de conciertos en algunos de los más importantes ciclos y festivales de jazz del país, temporada que cerró con su participación en el festival internacional The Cancún Jazz Week, donde compartió el escenario con George Benson, Herbie Man e Iván Lins. En 1992, después de 10 años de dedicarse a la música popular, decidió concentrarse únicamente en la pedagogía y en el estudio y la práctica del jazz. Trabajó como director del área de guitarra de la Universidad de la Música y, en ese contexto, tomó cursos de pedagogía, sistemas de enseñanza, desarrolló los planes de estudio de su área y publicó sus métodos. En esta misma institución tocó en los conciertos de grandes músicos internacionales como Scott Henderson, Alex Acuña, Frank Gambale, Dave Weckl, John Patitucci, Chuck Silverman, Denis Badault y Simon Span-Hanssen.