Tiene una colección principalmente arqueológica, testimonios materiales de la cultura ñuiñe (mixteca baja).
El museo también destaca el trabajo artesanal de los antepasados del lugar, se conservan malacates (piezas pequeñas de barro que servían para hilar) y así confeccionar su propia vestimenta de algodón y fibra de maguey; rodillos que utilizaban los tlacuilos, pintores prehispánicos que elaboraban, entre otras cosas, los códices.