Fue originalmente la iglesia de un convento levantado por los evangelizadores de la orden franciscana durante la época de la conquista. Fue construido entre 1543-1554, de estilo Gótico-plateresco, cuenta con gran atrio, de terraplen artificial. Lo cierra un muro almenado cuyo acceso es por un arco trilobulado, obra del siglo XVII. Al centro del atrio se ubica una cruz tallada en cantera sobre un pedestal, colocada para conmemorar la llegada de los misioneros franciscanos. Elevada a rango de catedral en 1961 y dedicada al Patriarca San José, fue de los primeros conventos levantados en México y uno de los más representativos de ese periodo.