La más grande de las sedes de El Colegio de la Frontera Norte, localizada en Tijuana, Baja california, inició actividades en 1982.

Actualmente cuenta con 78 investigadoras e investigadores con formación académica de doctorado, de los cuales 67 son integrantes del Sistema Nacional de Investigadores (SNI). Las principales líneas temáticas que se abordan son: 1. Migración internacional y movilidades transfronterizas; 2. Cambio tecnológico, organización productiva y trabajo; 3. Empleo y ocupaciones en las fronteras; 4. Políticas públicas, gobernanza y desarrollo en la región fronteriza; 5. Salud y población en las fronteras; 6. Economía, integración y desarrollo; 7.Identidades, patrimonio y políticas culturales en la frontera norte; 8. Cambio global, recursos naturales y territorio y 9. Violencia, seguridad y derechos humanos.

Las investigaciones que se realizan en el marco de estas líneas temáticas se enfocan de manera prioritaria al estudio de la región transfronteriza que forman México y Estados Unidos en su vecindad geográfica, pero también se realizan estudios sobre la frontera sur de México, así como sobre otras fronteras del mundo. Con énfasis en el trabajo empírico, las investigaciones se abordan desde diferentes enfoques conceptuales y paradigmas de interpretación científica, lo que ha convertido a esta institución en una referencia internacional en los temas de su agenda.

Las investigadoras e investigadores adscritos a la sede Tijuana cuentan con una agenda de investigación robusta y diversificada. Sus objetivos y prioridades de investigación están definidas por su capacidad de incidencia concreta e inmediata, y por su originalidad y relevancia para el conocimiento especializado. Los problemas locales, regionales y transfronterizos influyen decisivamente en definir esas prioridades, de modo que el conocimiento científico generado en esta sede atiende la realidad transfronteriza de la región México-Estados Unidos proporcionando insumos para la planeación regional de la frontera, así como paradigmas interpretativos que aportan categorías, conceptos e indicaciones heurísticas para la comprensión de los fenómenos sociales en diversas regiones del país y en distintas fronteras del mundo.