Este Archivo Fotográfico es un fiel testimonio de la importante actividad, consecuente con las tareas de docencia, investigación y difusión del patrimonio artístico mexicano. Este archivo se divide en cinco fondos:
a ) Diapositeca: su apartado más numeroso, destinado esencialmente a la docencia e investigación del arte mexicano, aunque también existen series de imágenes dedicadas al arte latinoamericano y universal.
Colección de diapositivas del AFMT b) Blanco y negro: formado sobre todo con negativos en formato 35 mm. En su momento, los materiales que componen esta sección se destinaron a ilustrar las primeras publicaciones realizadas por el Instituto de Investigaciones Estéticas.
Colección de materiales en blanco y negro del AFMT c) Colecciones del Archivo Fotográfico Manuel Toussaint: que agrupa los fondos de autor, una serie de donaciones realizadas por diversos estudiosos del arte mexicano, y finalmente, algunas secciones formadas por el quehacer archivo, en el que se consideraron características históricas o materiales de las fotografías localizadas en cada apartado.
Imagenes digitales del AFMT e) una sección de Video, que organiza principalmente algunas de las producciones para TV hechas por el propio Instituto de investigaciones Estéticas, y contempla una colección de programas relacionados con el arte mexicano y universal como apoyo a los programas docentes que así lo requieran.

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