Cada una de las laterales se compone de cuatro bóvedas iguales y sólidas columnas de cantera labrada, los pormenores arquitectónicos fueron cuidadosamente trabajados.

En el siglo XVIII, el templo de La Compañía, como se le conoce hasta hoy, era tal vez, el más importante después de la Catedral, en él se celebraban tumultuosos oficios que hacían insuficiente el local, por ello, durante la gestión como rector del Padre Ignacio Mozárabe, se decidió construir uno nuevo. Para una obra tan colosal se necesitaban recursos abundantes, por lo que, decidieron no demoler la antigua construcción, sino aprovechar los muros que fueran necesarios, como los laterales y la sacristía, de tal forma, edificaron una magnífica iglesia basilical de tres naves.