La planta es cruz latina, aunque a primera vista aparenta ser una basílica de tres naves, pero las laterales fueron ocupadas como capillas hornacinas, seis a cada lado, incluyendo las que forman pasos o accesos al atrio lateral y al connvento respectivamente. Estas capillas son idénticas, todas con bóvedas de arista y un arco de medio punto muy pesado como acceso. Abajo del coro se encuentran dos capillas a cada lado que son mucho más bajas que las otras cuatro laterales, esto para dar lugar a la bóveda del sotocoro, pero su arco de medio punto es exactamente de las mismas proporciones.

Popularmente conocido como San Agustín, fue en la etapa virreinal uno de los más importantes de la Puebla de los Ángeles y quizá el más suntuoso. Los constantes alzamientos y asonadas que tuvieron lugar en nuestro país el XIX, detruyeron mucha de su grandeza artística y arquitectónica, sumando a estos los sismos que se han ensañado contra sus estructuras, por lo cual queda solamente parte de lo que fue el orgullo de Puebla.