La capilla de San Juan se encuentra en el pueblo de Capirato, donde su construcción se supone fue realizada en el siglo XVII. Posee un confesionario entablerado probablemente del siglo XVII. Se supone que fue construida por los jesuitas. El templo ha tenido diversas reparaciones en los siglos posteriores, desde la forma de arcos y el techo que antes era de vigas, hasta el techo de concreto que se colocó en el siglo XX.