Desde el siglo XVII se definió el predio donde se ubicaría la casa del gobierno, existiendo sucesivas construcciones endebles durante el virreinato, una más sólida duró cien años y fue destruida por una inundación. Fue hasta la segunda mitad del siglo XVIII cuando este edificio, entonces llamado Casas Reales, sobrevivía gracias a la técnica constructiva del sillar. El actual edificio se construyó entre 1845 y 1850, consistiendo sólo de unas piezas por la actual calle de Zaragoza; entre 1850 y 1887 se le agregaron más hasta completar la planta baja, los portales y la planta alta. El trabajo de la fachada principal fue realizado en 1853 por el escultor Papias Anguiano, quien talló también el escudo de armas de la ciudad, hoy desaparecido. El edificio no es “colonial” en rigor cronológico, pues la mayor parte se hizo en la segunda mitad del siglo XIX, pero su esquema funcional y la forma sencilla en que sus fachadas fueron resueltas, habrían sido muy similares si se hubieran hecho cien años antes. El edificio como lo conocemos hoy fue completado en 1887 y funcionó como tal hasta 1976. Al construirse una nueva sede, dejó lugar al Tribunal Superior de Justicia del Estado. Años después, éste también se mudó y el edificio tomó vocación de museo en 1989.