En 1612, después de la gran inundación, el terreno donde habría de estar la nueva parroquia quedó definido, pero fue hasta que el gobernador Martín de Zavala pudo unir esfuerzos con el obispo de Guadalajara, Cervantes y Carvajal, que esa construcción se activó, contratando en 1663 al sargento Juan de Montalvo, maestro albañil y carpintero, para su construcción y más de cien años después se continuaba edificando. Para 1791 existía el cuerpo de tres naves que hoy se conoce, sin embargo la fachada de estilo barroco no se terminaría sino hasta 1800. Entre 1886 y 1900 se concluyeron los trabajos de la Capilla del Sagrario, la decoración interior, las balaustradas y puertas del atrio. Sin campanario, el sencillo edificio dominó el paisaje de la Plaza de Armas con el carácter de provisional hasta que pudiera construirse otro del tamaño adecuado, lo cual nunca sucedió. El único campanario que tiene se construyó de 1891 a 1899, y la última gran intervención artística que se le hizo fue hacia la década de 1940, cuando el pintor Ángel Zárraga ejecutó el mural que adorna el ábside.