La portada principal del siglo XVI fue sustituida hacia 1760 por la actual de estilo barroco. Toda la fachada se transformó con un revestimiento de ladrillos rectangulares, bandas y tableros de azulejo de talavera de Puebla. En el interior fue adornada de retablos de madera tallada, ensamblada y dorada realizados por artistas y artesanos, en concordancia a las tendencias de cada época. Tiene una sola nave, con la puerta principal al poniente y el testero semicircular al oriente. Está dividida en cinco tramos, con tracerías de estipe gótica, nervios de cantería labrada y mampostería de ladrillo. El coro, sobre el ingreso principal, descansa en una bóveda rebajada, también ornamentada con nervios de cantería labrada.

Esta iglesia, es la más antigua que conserva la ciudad de Puebla: Respecto a la construcción, tenemos una interesante tradición tomada de una crónica de finales del siglo XVII que cuenta cómo el maestro que la había hecho se ausentó de la ciudad temeroso de que al retirar las cimbras se viniesen abajo las bóvedas. Juan García Cerezo y Francisco Téllez, dueños de pastorías, se enteraron que estaba sin concluir y determinaron ceder el dienro para que se terminara: pusieron fuego a la cimbra, aportando despúes todo lo necesario para terminar el templo. Al sur estuvo el convento de 1631 con varios claustros , hoy destruidos; se comunicaba con una antesacristía cubierta con dos bóvedas con lunetos, de donde partía una escalera para ingresar a la sacristía.

Durante los siglo XIX y XX se transformó perdiendo casi todos los elementos decorativos. En 1834 remozaron la iglesia en estilo neoclásico, destruyendo los retablos y ornamentos barrocos. En el altar mayor colocaron un gran retablo neoclásico de mampostería , diseñado por el artista José Manzano, sobre la cornisa alta pusieron una balaustrada y pilastras, molduras y pinturas al "aguacola" de julian Ordoñez, representa pasajes del Antiguo Testamento, para lo que emplearon mampostería, yeso y madera procedentes de los despojos de la destrucción.