La comunidad de Pahuatlan fue fundada aproximadamente en 1535 por frailes agustinos entre las etnias nahuatl y hñnahñu que en esa época se disputaban el territorio el territorio que antes había pertenecido al señorío del Totonacapan.
El Pueblo se estableció en torno a lo que ahora es la iglesia del Señor Santiago,en una pequeña planicie sobre la ladera oriente del cerro de Ahila.