El conjunto conventual que existe hasta nuestros días se presenta como el conjunto de muchas transformaciones. El acceso se hace por la calle 11 Sur donde una escalinata conduce a un arco de entrada de dos vamos de cerramiento de medio punto; este elemento se compone de un parámetro rectangular decorado con pilastras en los extremos y centro, cierra en la parte superior con una decoración horizontal, moldurada a manera de entablamiento. Cruzando el atrio y en una plataforma que eleva su nivel se encuentran, hacia el norte, el templo, y a un costado hacia el sur, el claustro; el templo tiene planta de nave rasa en cuatro tramos, con el acceso al oeste y el presbiterio con ábside rectangular al este. Al interior la decoración es muy sobria, destaca la tracería de las nervaduras en toda la bóveda.

Es la primera fundación franciscana en el lugar que en el momento de la conquista española se llamó Acapetlahuacan, que quiere decir: "lugar donde se hacían esteras de caña seca", ubicada en las faldas del ahora cerro de San Miguel. Su emplazamiento pudo obedecer a varios factores, entre ellos, que la población indígena se congregaba en las tierras altas, y a que tal vez se construyera en el lugar que ocupaba algún centro ceremonial, lo que simbolizaba dominación de la religión cristiana sobre los dioses prehispánicos, o quizás para aprovechar el aire fresco y para evitar las molestias de ciertos insectos debido al clima subtropical húmedo del valle. Es durante el gobierno de la primera audiencia que fray Toribio de Benavente, funda entre los años de 1551 y 15622 el templo en una congregación de indios que había ayudado fray Alonso de Buendía y lo dedica a la Visitación de Nuestra Señora. George Kubler señala que se realizó en varias etapas constructivas: la primera fue de 1540 a 1550, la segunda de 1560 a 1570 y la última de 1610 a 1620; seguramente el primer periodo se refiere a la época en que fray Alonso de Buendía congrega y organiza la población indígena. En la segunda etapa se comienza a construir en forma el convento, pues es cuando se encuentra en pleno de sus funciones el primer obispo electo de México fray Juan de Zumarraga. Finalmente, la tercera etapa sería de intervenciones menores. Esta edificación funcionó también como parroquia de indios hasta 175, fecha en que finalmente fue secularizado pues cuando en 1641, por orden del obispo Juan de Palafox y Mendoza, un clérigo examinó al entonces guardián fray Gabriel Arias, este demostró habilmente su capacidad para continuar con la labor en la administración de los sacramentos al pueblo de indios. Para el siglo XVIII se hacen obras de renovación que incluyen la modificación de la portada, la construcción de la sacristía, de la capilla del huerto y el campanario, y en el interior la realización del retablo. En el siglo XIX se añade algunos elementos neoclásicos a la potada, se interviene el coro, se coloca el ciprés en el alta; finalmente a principios del siglo XX, se hacen las modificaciones para realizar instalaciones eléctricas y sanitarias