La fachada del nosocomio San Juan de DIOS está conformada por un pórtico de tres arcos. Uno de ellos tiene un coronamiento con dos hombres salvajes, semidesnudos, que sostienen un escudo enmarcado por un águila bicéfala además de una corona imperial; completan la composición dos leones sentados, y en los extremos, se localizan dos cascos con plumas. Deriva de una arquitectura barroca con amplios cuartos que estaban destinados para los jesuitas.

Destinado a atender a la población y viajeros en la Villa de Carrión de las epidemias ocurridas a finales del siglo XVI (alrededor de 1581), un clérigo crea a su costa, un hospital con botica dedicado a la Purísima Concepción de María, patrona de los enfermos, en la "Plazuela del Sato Nombre de Jesús". Este hospital funciono al principio con muchas dificultades, desarrollando su labor por los enfermos como acto de caridad. Después de algún tiempo doña María de Sayas o Salas donó sus casas en la calle de Donceles, esas fueron acondicionadas con dos salas (una para hombres y otra para mujeres), oficinas para gobierno, servicios y alojamiento para empleados, convirtiendo de esta manera el inmueble en un sitio adecuado para su funcionamiento. En ese tiempo, a la advocación de Nuestra Señora de la Concepción, se le sumó la de san Pedro y Santa Ana. En esta primera etapa el hospital estuvo dirigido por in rector administrado bajo el control del obispo de Puebla y su economía se basaba en las limosnas y donaciones. hacia finales del siglo XVIII el hospital había acumulado una deuda considerable, al grado que fue necesaria la intervención del obispo para clausurar el servicio, y no ver incrementado dicha deuda, una vez saldadas las cuentas con el producto de las rentas de las propiedades del hospital, el entonces alguacil mayor de la villa de Atlixco don Dionisio Deuxlanger, quien sabía de las carencias de la institución pues había administrado por algún tiempo el hospital, intercedió ante el obispo don Juan Antonio Lardizábal y el virrey Marqués de Casafuerte para que esta casa pasara a manos de los padres Juaninos. De esta manera, en 1731 les es concedido el hospital bajo la condición de quedar obligados a rendir cuentas periódicamente ante el eclesiástico regular y los diputados de la ciudad. Para su sostenimiento se añadió a los legados y limosnas con que contaba, ciertos fondos como el noveno u medios de los diezmos y los derechos parroquiales sobre la administración de sacramentos u entierros que se efectuaran en él. Es en este momento cuando se traslada al predio actual en donde se erigió el edificio que ahora conocemos, cuya construcción se concluyó a mediados del siglo XVIII. Ante tal remedio los hermanos apelan la decisión y es hasta 1783 con el virrey don Martín de Mayorga que ganan el pleito y les es devuelta la administración del hospital. Se sabe que hacia 1737 los religiosos atendían un promedio anual de 400 enfermos (esto en caso de epidemia, y la mitad en tiempos normales). Esta orden hospitalaria permaneció por un lapso aproximado de 109 años (con algunas interrupciones), tiempo en que los hermanos de la orden de San Juan de Dios desarrollaron sus conocimientos en la práctica de la medicina, así como en la administración de su casa hospitalaria. En la primera década del siglo XIX se genera una serie de leyes y decretos encaminados a separa instituciones o establecimientos de carácter público, siendo el caso de los hospitales de la iglesia para ponerlos bajo la tutela de las autoridades civiles locales.