Templo en advocación a Santa María de Jesús que forma parte del Ex Convento de San Francisco. La fachada del templo está flaqueada por contrafuertes escalonados dispuestos en ángulo, y la portada constituida por dos cuerpos rectangulares estilo mudéjar, con ricas jambas estilo gótico. A la iglesia se entra por la puerta de madera que aun conserva la clavazón original de flores. El interior es una espléndida nave típica de las construcciones franciscanas del siglo XVI, con bóveda de nervaduras en las cuales los dos primeros tramos tienen un dibujo idéntico, el tercero más complicado y diferente al del presbiterio, y este último dividido por la nave por un arco triunfal.

Fue fundada por los franciscanos e intervenido por Fray Toribio de Benavente, guardián del convento, entre 1551 y 1562. Así mismo, parte del templo fue edificado por Fray Juan de Alameda y posteriormente reparado en 1621. El retablo y la torre datan del siglo XVIII, siglo en que su portada fue modificada. En 1755 fue secularizado y el convento continuó como "Curato del idioma mexicano". A mediado des siglo XIX fueron trasladados parte de los bienes muebles de la iglesia del Carmen. Fue declarado monumento histórico el 11 de octubre de 1933 e incluido en la declaratoria de Zona de Monumentos Históricos de la Ciudad de Atlixco, Estado de Puebla, publicada en el Diario Oficial de la Federación el 27 de mayo de 1988.