Este museo ocupa una parte del exconvento y templo de San Francisco de Asís, construido por evangelizadores franciscanos en 1528. Gracias a las labores de Francisco Ruiz Montaño, oriundo de Tepeapulco, y Amaro del Rosal, director de la Compañía Constructora de Carros de Ferrocarril, quien financió gran parte de la adaptación del recinto, este espacio abrió sus puertas al público el 1 de febrero de 1959.

Como parte de los objetos en exhibición, se muestran piezas arqueológicas de los periodos Preclásico y Clásico de las culturas tolteca, teotihuacana y azteca.

• Sala 1
Destinada a exposiciones temporales.


• Sala 2
Se aborda el área geocultural de Mesoamérica; se exhiben objetos de barro con influencias de las culturas Tlatilco y Copilco del horizonte Preclásico; asimismo, se cuenta con un espacio dedicado al horizonte Clásico donde destacan objetos de la cultura teotihuacana provenientes de la zona arqueológica del Xihuingo.


• Sala 3
Como parte del acervo de esta sala, se encuentra una excavación arqueológica en donde se puede conocer parte del sistema hidráulico utilizado por los frailes en el siglo XVI; pinturas al óleo, por ejemplo, de San Francisco de Asís, La Buena Muerte de San Agustín, entre otras; del horizonte Posclásico, objetos producidos en cerámica de la cultura mexica y material lítico como un disco solar donde aparece representado Tonatiuh, deidad solar.


• Sala 4
Espacio dedicado al horizonte Preclásico, resalta la importancia que tuvo la religión en la vida del pueblo mexica, pues se encuentran deidades como Tláloc (dios de la lluvia), Chicomecóatl (diosa del maíz) y Xiuhtecuhtli (dios del año). También se cuenta con un monolito de Nahui Ollin, símbolo abstracto del calendario mexica.

Cuenta con una sala temporal.

1 de febrero de 1959