Está ubicado en un histórico edificio del siglo XVI, el cual funcionó originalmente como claustro, capilla e iglesia dedicada a San Roque. Hacia 1630 fue convertido en el primer hospital de la Villa de Valladolid. De acuerdo con documentos del archivo parroquial, en este sitio fueron enterrados los cuerpos del capitán Fernando Hipólito Osorno y de don Pedro Gabriel Covarrubias, víctimas del suceso conocido como El crimen de los alcaldes. Asimismo, los mencionados archivos dan cuenta de que en los jardines de San Roque fueron fusilados los héroes de lo que se considera el primer levantamiento de la Revolución Mexicana. Como museo abrió sus puertas al público el 4 de junio de 1985. Su objetivo es dar a conocer la historia de Yucatán, en especial de la ciudad de Valladolid. Su acervo consta de piezas arqueológicas de la región, archivos, documentos,fotografías y otros elementos relacionados con el entorno ambiental, las costumbres, las tradiciones y las principales actividades socieconómicas de la Heroica Zací.

En la primera sala, correspondiente a la nave del templo, se habla sobre la vida prehispánica y la fundación de Valladolid así como de la guerra de castas, el periodo colonial y la piratería, pues aquí se ocultó el famoso pirata Lorencillos.
En la segunda sala, correspondiente a la sacristía, se encuentran elementos relacionados con la medicina maya, así como las tradiciones y artesanías.

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4 de junio de 1985