Ubicado en el ex Convento de San Francisco, cuya construcción inició en el siglo XVI y concluyó en el siglo XVIII. Desde este lugar partieron las misiones que colonizaron y evangelizaron el norte de México. Los trabajos de restauración del inmueble histórico se llevaron a cabo de 1987 a 1990, bajo la supervisión de Federico Sescosse. El guión museográfico fue diseñado por Alfonso Soto Soria y el museo abrió sus puertas el 5 de julio del mismo año, en honor del destacado pintor zacatecano Rafael Coronel, de quien se exhiben obras realizadas especialmente para este museo. En el año 2000 fue ampliado en sus instalaciones y acervo, con fondos del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes, mediante el Programa de Apoyo a la Infraestructura Cultural de los Estados (PAICE).

En sus salas resguarda un acervo de más de 16 mil piezas entre máscaras, dibujos, ollas, terracotas, objetos prehispánicos, títeres, exvotos, cuadros, artesanías, instrumentos musicales y muebles coloniales. Su colección de máscaras es considerada como la más grande del mundo. Posee también una colección de obras de Diego Rivera, entre las que se encuentra el estudio del autorretrato de Diego niño para el mural Sueño de una tarde dominical en la Alameda Central, obra que se exhibe permanentemente en el Museo Mural Diego Rivera, en la ciudad de México.

El Museo Rafael Coronel tiene por misión la conservación, cuidado Las colecciones que conforman el museo son motivo de orgullo y de admiración del público visitante. Conforman el acervo las siguientes colecciones:

Cuenta con 22 salas de exhibiciones permanentes:
Capilla de San Antonio ( Pintura de Rafael Coronel): 293 m2
Retablos (Anti Sacristía): 77 m2
Cédulas Reales (Sacristía): 153 m2

Salas de Máscaras:
Introducción: 80 m2
Sala de Moldes: 38 m2
Obra Selecta: 156 m2
Moros y Cristianos: 96 m2
Diablos: 36 m2
Pastorela: 82 m2
Carnavales: 256 m2
Animales: 307 m2
Centuriones: 56 m2
La Máscara en el Arte: 247 m2
Instrumentos Musicales: 158 m2
Terracota (Tiempo de La Colonia): 88 m2
Sala de la Olla: 137 m2

Sala de Títeres:
Títeres No. 1: 70 m2
Títeres No. 2: 108 m2
Sala de Figuras de Nacimiento: 44 m2
Sala Dibujos de Diego Rivera (Anahuacali): 137 m2
Sala Figuras Prehispánicas: 260 m2
Sala de Arte Popular: 78 m2

5 de julio de 1990