Su libro más antiguo data del año 1745. Además integran su acervo 5 mil 348 manuscritos, más de 800 impresos sueltos y cerca de mil 500 grabados. Entre sus obras más importantes se encuentran la ciudad de Dios de San Agustín (1745); la crónica de Nüremberg, de Anton Koberger (1493) y de Humani Corporis Fabrica, de Andreas Vesalius (1543).
Juan de Palafox y Mendoza fue nombrado obispo de Puebla y Virrey de la Nueva España. Durante su gestión se vio enfrascado en una tenaz contienda contra la orden jesuita que llego al extremo de ver amenzada su vida, por lo que tomó la decisión de refugiarse en un pequeño pueblo llamada San José Chiapa, donde radicó durante cinco meses en 1647, tiempo en el cual escribió varias obras literarias importantes.

A su regreso a Puebla, el obispo recuperó su supremacía, pero esto no sería por mucho tiempo, ya que los jesuitas lograron que el Rey ordenara el regreso a España de Palafox. En Europa se haría cargo del obispado de Osma donde descansaría para siempre. En 1768,la capilla fue donada a la mitra de Puebla, por lo que el obispo Francisco de Fabián y Fuero mandó edificar la Biblioteca Palafoxiana. Decidió conmemorar la presencia de Palafox en este pequeño poblado al transformar esta capilla en una verdadera obra de arte, ya que posee un hermoso retablo realizado en ónix de la región de Tecali. En el retablo se observan las figuras de San Pedro y San Pablo, resaltando al centro un óleo que representa a la sagrada familia. .

Cuenta con una Sala Lúdica para difundir entre los niños las artes librarias.

1 de enero de 1981