El espacio museográfico se localiza a un costado del templo local que data del siglo XVII, en el centro de Xaltocan (cuyo nombre proviene del náhuatl y significa sobre el suelo de ceniza, es una antigua isla del lago que lleva el mismo nombre. Su acervo recoge gran número de piezas arqueológicas del lugar, mismas que fueron donadas por los habitantes de la comunidad, entre ellas se encuentran una escultura de Tláloc, dios de la lluvia. También se exponen cabezas de mamut, figurillas de origen teotihuacano y una extensa colección de cerámica azteca. El patrimonio de los nextlalpenses, así como del resto de los habitantes del Estado de México, en el museo se pueden admirar piezas que pertenecen a diversas culturas de la antigüedad como lo fueron la teotihuacana, azteca, olmeca, nonoalca, totonaca, tolteca, mexica y xaltomeca. Una de las piezas más destacadas dentro de la colección de cerámica es un brasero, considerado único en su tipo, ya que a diferencia de otros en los que se representan dioses, éste contiene la figura de un guerrero. En algunas otras piezas sobresale el rostro de Tláloc y, sin duda, destaca el hallazgo del hombre de Tepexpan, osamenta que data de entre nueve mil y doce mil años de antigüedad, convirtiéndolo en uno de los ejemplares más significativos del Valle de México.