Está ubicado en el ex Convento de los Carmelitas Descalzos, cuya construcción data de 1697. Se trata de uno de los más importantes ejemplos del patrimonio arquitectónico e histórico del pueblo mexiquense. Al paso de los años funcionó como asilo, hospicio, hospital y sede del Instituto Científico y Literario, hasta que el 7 de septiembre de 1945 fue inaugurado como museo.
Después de un largo periodo de restauración, fue reinaugurado el 17 de octubre de 2002. Su objetivo es preservar y difundir el arte sacro y el arte aplicado de los siglos XVI al XIX. Entre las obras de arte que resguarda, destacan objetos dedicados al Divino Rostro, representaciones de santos y santas, un Cristo de marfil de la Nao de China y la réplica de la pila bautismal que se encuentra en Zinacantepec. Su guión museográfico ofrece un panorama del ambiente religioso carmelita del siglo XVIII.

Cuenta con seis salas de exposiciones permanentes:

• Sala 2: 172 m2
• Sala 3: 103 m2
• Sala 4: 31 m2
• Sala 5: 62 m2
• Sala 6: 83 m2
• Sala 7: 54 m2

Cuenta con cuatro salas de exposiciones temporales:

• Sala 1: 177 m2
• Sala 8: 67 m2
• Patico central: 361 m2
• Pasillo y usos múltiples: 185 m2

7 de septiembre de 1945