El compromiso de difundir la historia de la medicina mexicana. Surgió de la inquietud de un grupo de universitarios que consideraron su realización como una de las metas inmediatas para preservar el patrimonio universitario.
Con gran tradición de identidad, el museo presenta su acervo conjuntando arte, ciencia y tecnología en un esfuerzo de vinculación universitaria con la comunidad.

El museo cuenta con dos pisos.

Cuenta con 19 salas de exhibición permanente:
Primer piso:
Sala de México Antiguo de 90 m2:
Nos presenta los usos de la medicina y las afecciones más comunes en las culturas prehispánicas: Olmeca, Teotihuacana, Maya y Mexica. Se analiza la relación entre la religión y las dualidades, como salud y enfermedad, vida y muerte, etc.
Sala de Medicina Virreinal de 52 m2:
Se presentan libros históricos, como las primeras publicaciones de medicina impresas en el continente y los textos que estudiaban los alumnos de medicina. También se presenta la historia de las primeras escuelas de enseñanza y de los educadores, así como algunas pinturas virreinales relacionadas con la medicina.
Sala de Herbolaria de 52 m2:
México a partir de su ubicación geográfica y sus climas propicios, se ha distinguido a nivel mundial por ser uno de los territorios con mayor diversidad en flora. A partir de una larga tradición de estudio, uso y aprovechamiento de plantas para diversos propósitos, destacando sus aportaciones a la rama médica, que van desde el mundo prehispánico hasta la actualidad. Como lo atestigua -el Códice Badiano- (1552) que da cuenta de las prácticas médicas habituales entre los curanderos prehispánicos, a partir del uso de hierbas medicinales.
Sala del Desarrollo Humano de 78 m2:
La Sala de Embriología nos ilustra sobre el misterio de la vida. En ella descansan embriones y fetos como en ningún otro lugar en Latinoamérica. Cada uno tiene una etapa diferente de crecimiento. En conjunto, forman una secuencia única y real que nos permite ver cómo se desarrolla un ser humano en el útero materno.
Jardín Botánico de 18 m2:
Está dedicado a la curandera Purépecha Rosita Asencio. Contiene las plantas más usadas en la medicina alternativa.
Sala Dr. Carlos Coqui de 35 m2:
Esta sala es la recreación del gabinete de radiología del Dr. Carlos Coqui con el mobiliario, equipo radiológico y objetos personales, que fueron donados por la Sra. Mercedes López Vda. De Coqui en 1895.
Sala Dr. Donato Alarcón de 35 m2:
Contiene el mobiliario del consultorio del Dr. Donato Alarcón, que es considerado el padre de la inmunología clínica mexicana.
Botica Dr. Manuel Esesarte de 32 m2:
Recrea la botica fundada por el Dr. Manuel Esesarte, en la ciudad de Oaxaca, en 1885. Este espacio es uno de los más completos en su categoría, ya que no sólo consiste en la ambientación de la sala, sino que también muestra los diversos utensilios y herramientas utilizados en la práctica boticaria. Representa un documento fidedigno del avance médico imperante en la época, por ser un antecedente de la industria farmacéutica, así como de las droguerías o farmacias actuales.
Pinacoteca Virreinal de 75 m2:
Está integrada por una galería de retratos y una colección de pinturas religiosas del periodo virreinal. Estas obras forman parte del patrimonio artístico de la Universidad Nacional Autónoma de México y del Museo Nacional de Historia (Castillo de Chapultepec) del Instituto Nacional de Antropología e Historia. Los retratos que se exhiben en la colección, forman parte de los llamados retratos de aparato, es decir, fueron efectuados para resaltar la jerarquía y pertenencia del personaje representado dentro de una congregación ya fuese eclesiástica o civil.

Salas en segundo piso:
Sala de Histología Dr. Tomás Perrín de 42 m2:
El progreso de la histología, como ciencia que estudia los tejidos del cuerpo utilizando el microscopio como herramienta esencial, ha sido lento y sinuoso hasta el siglo XIX. Su objetivo, es comprender el funcionamiento de los componentes corporales atendiendo desde micro-estructuras hasta órganos. El Palacio de Medicina, se enorgullece al presentar su magnífica colección de microscopios que van desde los más sencillos y antiguos hasta los de complejidad electrónica de la actualidad.
Laboratorio Clínico Germán y Juan Somolinos de 28 m2:
Este laboratorio, nombrado en honor de los médicos Germán y Juan Somolinos nos presenta el instrumental que se podía encontrar en los laboratorios clínicos, que es el lugar donde se analizan muestras biológicas humanas que contribuyen al estudio, prevención, y hace investigación viable para el cuerpo humano.
Sala de Ceras del siglo XIX de 70 m:
Presenta la colección de ceras del siglo XIX que fueron traídas de Francia en 1873 para el estudio de las lesiones dermatológicas en la Academia de Medicina.
Sala de Cirugía reconstructiva Dr. Fernando Ortiz Monasterio de 42 m2:
Muestra la historia de la cirugía plástica como especialidad médica. Abarca desde sus inicios en Italia, durante el siglo XVI, hasta nuestros días. Hace énfasis en su desarrollo en México a partir de 1950, y destaca el quehacer de los médicos mexicanos, al ser pioneros de complejas cirugías intrauterinas y de labio leporino.
Sala de Anatomía del siglo XIX de 72 m2 y Sala de Anatomía del siglo XX de 11 m2:
Busca dar cuenta de la compleja relación que se ha dado entre los médicos, los cirujanos y el cuerpo en los siglos XVIII y XIX. La anatomía, bajo la mirada de la medicina, es una práctica que tiene que ver con las manos y los cinco sentidos. A través de ella se estudia el cuerpo humano y sus características, así como la localización, disposición e interrelaciones de los órganos que forman parte de un organismo vivo.
Sala de la Academia Nacional de Medicina de 40 m2:
Es una representación la Academia Nacional de Medicina del siglo XIX, específicamente del lugar donde se realizaban los exámenes profesionales de los alumnos y donde decían el Juramento Hipocrático.
Sala de Oftalmología de 52 m2:
Presenta información, instrumental y equipo de esta disciplina médica dando énfasis al origen y evolución de su desarrollo en México.
Sala de Fisiología de 65 m2:
Conjunta los instrumentos que se utilizaban en los laboratorios de fisiología en México. Estos instrumentos eran para estudiar los órganos de los seres vivos y su funcionamiento.
Sala de Otorrinolaringología de 38 m2:
Se presentan instrumentos y equipo utilizados en exploración clínica y en los procedimientos quirúrgicos empleados por los pioneros del especialidad. Fue creada en 1998 con la colaboración de la Sociedad Mexicana de Otorrinolaringología y Cirugía de Cabeza y Cuello y el Museo de la Medicina Mexicana de la UNAM. En el 2014 se actualizó la sala para mostrar el progreso que ha tenido la otorrinolaringología gracias a los avances científicos y tecnológicos.

Cuenta con 4 salas de exhibición temporales:
Salas en primer piso:
Lobby de la Botica Dr. Manuel Esesarte de 60 m2:
Espacio adyacente de la botica utilizado para montaje de exposiciones temporales.
Patio de Piedra de 32 m2:
Patio secundario del Palacio de la Escuela de Medicina, se le otorgó su nombre por los muros de piedra aparente que enseñan el sistema constructivo del inmueble.

Salas en segundo piso:
Sala de Exposiciones Temporales de 36 m2:
Sala de la primera planta del patio principal.
Pasillos de planta alta del patio principal de 36 m2:
Tres secciones de los pasillos que se utilizan para exposiciones temporales:

• Pasillo fuera la Sala de Ceras del siglo XIX.
• Pasillo fuera la Sala de Oftalmología.
• Pasillo fuera de la Sala de Anatomía.

Luminaria de carril con focos de led (luz fría y de temperatura controlada).

Espacios cerrados con vitrinas con circuito de hidrantes contra incendio y Pinacoteca: temperatura ambiente controlada

19 Salas de exhibición.
3 Auditorios:

• Auditorio Gustavo Baz Prada.
• Auditorio Paraninfo.
• Auditorio.

Sala de usos múltiples.
Biblioteca Histórica Dr. Nicolás León.
Archivo histórico.
Actividades artísticas y culturales.
Actividades académicas.
Renta de espacios para eventos culturales, académicos y sociales.
Baños.
Visitas guiadas con guía.
Wi-Fi.
Pantallas en salas.

22 de diciembre de 1980

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Gaceta Facmed.