El Museo de la Ciudad de México ocupa un edificio de estilo barroco que data del siglo XVI. Fue residencia de los condes de Calimaya. Después de diversos usos, en 1960 fue inaugurado como museo. En sus instalaciones se llevan a cabo talleres, ciclos de cine, conferencias, presentaciones de libros, conciertos, diversas actividades artísticas, visitas guiadas y programas educativos.

A partir de 2002, el Museo de la Ciudad de México emprendió un cambio sustancial en sus espacios: el arreglo de la fachada, la reapertura de la biblioteca Jaime Torres Bodet, la inauguración de la librería del Pórtico y la restauración del estudio de Joaquín Clausell.