Este museo fue inaugurado en 1967. Más tarde, en 2002, se interviene el inmueble y se elabora una nueva propuesta museológica, para una nueva reinauguración en 2003. Ahora aquí se difunde la historia del maíz, así como su importancia en los procesos de sedentarización de los pueblos mesoamericanos. De los objetos de exhibición destacan una urna mixteca que representa a un guerrero. El recinto se localiza dentro del Complejo Cultural del Carmen (Exconvento del Carmen), integrado por la Catedral de la Inmaculada Concepción, los manantiales Peñafiel, Garci Crespo y el Museo de Mineralogía.

Se explica la domesticación del maíz silvestre y el control del agua desde épocas tempranas, que dio como resultado que a lo largo de 12 mil años se llevara a cabo la transformación de las aldeas en centros urbanos con organizaciones políticas y económicas desarrolladas.

De los objetos en exhibición destacan una urna mixteca que representa a un guerrero; utensilios de lítica y cerámica, máscaras y chimallis (escudos), las mazorcas de teocintle más antiguas del actual territorio mexicano, localizadas en las cuevas de Coxcatlán y ejemplares de semillas de plantas de origen prehispánico.

Adicionalmente existe una sección de figurillas de dioses prehispánicos; además de una exhibición temporal que se convirtió en permanente sobre jarciería y cestería. Igualmente se cuenta con un pequeño jardín en donde se muestra una variedad de plantas endémicas. De las piezas a destacar cuenta con una Urna Mixteca que representa un guerrero, en vitrina se aprecian las mazorcas de Teocintle más antiguas localizadas en las cueva de Coxcatlán y ejemplares de semillas de diversas plantas de origen prehispánico; muestra de utensilios de lítica, cerámica, máscaras y chimallis.

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1 de abril de 1967