Este espacio fue inaugurado el 1 de abril de 1967. Después de ser intervenido y con una nueva propuesta museológica, fue reinaugurado en 2003. El recinto se localiza dentro del Complejo Cultural del Carmen (Exconvento del Carmen), el cual incluye la Catedral de la Inmaculada Concepción, el Museo de Mineralogía, la biblioteca pública y oficinas del municipio.

En el inmueble se difunde la historia del maíz, así como su importancia en los procesos de sedentarización de los pueblos mesoamericanos.

En sus salas se explica la domesticación del maíz silvestre y el control del agua desde épocas tempranas, que dio como resultado —que a lo largo de 12 mil años— se llevara a cabo la transformación de las aldeas en centros urbanos con organizaciones políticas y económicas desarrolladas.

Entre los objetos exhibidos destacan una urna mixteca que representa a un guerrero; utensilios de lítica y cerámica, máscaras y chimallis (escudos); las mazorcas de teocintle (especie silvestre más cercana al maíz) más antiguas del actual territorio mexicano, localizadas en las cuevas de Coxcatlán; y ejemplares de semillas de plantas de origen prehispánico.

Adicionalmente, existe una sección de figurillas de dioses prehispánicos, una exhibición sobre jarciería y cestería, además de un pequeño jardín en donde se muestra una variedad de plantas endémicas.

1 de abril de 1967