Ubicado en la zona arqueológica del mismo nombre, este museo fue abierto al público en 1995. Su diseño arquitectónico fue concebido y realizado del tal forma que pudiera integrarse a los entornos del paisaje y de la zona arqueológica, sin afectarlos visual ni físicamente. Se presenta un panorama de la evolución arqueológica de la región, ofreciendo algunos elementos informativos sobre las principales culturas prehispánicas que se desarrollaron en el territorio zacatecano y que fueron: Loma San Gabriel, Chalchihuites y La Quemada. También se exhiben reproducciones de dibujos de estructuras del sitio, realizados en 1834 por el alemán Carlos de Berges; una maqueta panorámica ilustra toda la zona y sus respectivas estructuras, en donde se aprecia: el Salón de Columnas, el Juego de Pelota, la Pirámide Votiva, El Cuartel, el Palacio, la Ciudadela y una muralla que rodea la zona norte del sitio.

Sala Introductoria. Se exhibe una maqueta a escala en la que se representa cada uno de los niveles que conforman la zona arqueológica La Quemada.
Sala de Exhibición: Mapa de Zacatecas dividido geográficamente con la distribución de las principales culturas que se desarrollaron en la época prehispánica.

Cuenta con una sala temporal.

Auditorio
Visitas guiadas
Expendio de publicaciones
Artesanías
Guardarropa
Sanitarios
Estacionamiento
Espacio para servicios educativos, donde se imparten talleres de modelado en barro, cestería y lítica

1 de septiembre de 1995