En la parte del monasterio y que antiguamente fue la casa conventual es un museo temático que alberga facsimilares del Lienzo de Cuauhquechollan, el Mapa circular de Cuauhquechollan, el códice Macuitlxochitltepec, así como piedras prehispánicas del Postclásico tardío de entre el año 1000-1200 de nuestra era. Cuenta con la exposición de las cocinas antiguas y sus recetarios de comida típica del municipio de Huaquechula. Exhibe una colección de barro policromado y accesorios artesanales. En el interior del ex convento se aprecian óleos de finales del siglo XVII de Cristóbal de Villalpando y Luis Berruecos. La construcción del histórico edificio comenzó en el siglo XVI por iniciativa de fray Juan de Alameda. Su portada de estilo gótico, se encuentra adornada con dos escudos franciscanos y sus respectivos ángeles, un escudo mariano y el relieve de San Martín Caballero, patrono del pueblo.