El origen de la Mapoteca está ligado al Departamento Cartográfico del Ministerio de Fomento (1877), creado para reunir los trabajos y estudios para la elaboración de mapas que permitieran la consulta y apoyo para la planeación económica, aprovechamiento de los recursos naturales y control de la tenencia de la tierra.

Al paso del tiempo diversos investigadores donaron sus colecciones, entre las que sobresale la del historiador Manuel Orozco Berra, cuyo nombre se dio a la Mapoteca en diciembre de 1977. Esta colección cartográfica está compuesta por más de tres mil ejemplares, entre los que sobresalen diversos mapas históricos, elaborados a mediados del siglo XVII y hasta los últimos años del siglo XIX. Otros científicos que obsequiaron sus colecciones son Domingo Diez (75 cartas) Pastor Rouaix (580 cartas) y Amado Aguirre (68 cartas).

En 1977 el Instituto Panamericano de Geografía e Historia transfirió a la Mapoteca su colección cartográfica (58 000 documentos), colecciones que conjuntamente con el acervo general (40 000 cartas), alcanza un total aproximado de más de cien mil documentos.

La Mapoteca posee un valioso archivo técnico, compuesto por aproximadamente cinco mil expedientes y libretas de campo cuyas fechas oscilan entre los años de 1860 y 1970 relativos a topografía, astronomía, geodesia, gravimetría, entre otras disciplinas.