El 15 de mayo de 1995 se inauguró en el museo la primera exposición permanente Pueblos y Culturas del México Antiguo; el edificio que alberga al museo es único en el estado por los elementos de su construcción: adobe, piedra y madera; fungió como oficinas de gobierno, cuartel militar, cárcel municipal, hospital y escuela. Los montajes permanentes de sus seis salas abarcan la historia de Baja California; se abordan diferentes temas sobre la vida, el paisaje, la cultura y la historia de Baja California desde sus primeros pobladores, el contacto con los misioneros y una semblanza de los idiomas nativos actuales; una de las salas está dedicada a la paleontología del estado.

La arquitectura original del cuartel militar se puede apreciar actualmente en los altos muros de su fachada, levantados completamente en adobe, torretas, aspilleras, portón de entrada y un mural elaborado cerca del año 1912 que hace alusión al mito fundacional de Tenochtitlan, el águila devorando a una serpiente. El sello que le proporcionó la época carcelaria aparece sobre todo en las casetas de vigilancia y las pinturas de los presos en el área de las crujías.

En exhibición se tienen 214 piezas entre etnográficas, arqueológicas y paleontológicas.

Cuenta con seis salas de exposiciones permanentes:
Sala A:

• Sala de Paleontología de 30 m²
• 544 millones de años a 10 mil años

Paleontología
Se encarga del estudio de los fósiles, que son los restos dejados por los seres vivos que existieron en el pasado.

• Aquí se muestran fósiles de amonitas, gasterópodos, bivalvos, trilobites y dientes de tiburón con una antigüedad de más de 12 millones de años, y los restos óseos de un mamut de hace más de 10 mil años.

Arqueología:
Es la disciplina que se encarga de estudiar el modo de vida y las huellas del paso de diferentes grupos humanos, a través de los elementos materiales que dan cuenta de la historia del hombre.

Sala B:

• Sala Arqueología del Paleoindígena de 20 m²
• Periodo Paleoindígena
• 10 mil a 7 mil 500 años antes del presente
Inicia durante la transición del Pleistoceno al Holoceno Temprano hace alrededor de 10 mil años, con las primeras evidencias arqueológicas de la presencia humana en nuestra península.
• En este espacio se muestran magníficos artefactos de piedra elaborados por el hombre a los cuales les dio diferentes usos, tales como tajadores, raspadores, desfibradores y fragmentos de puntas tipo Clovis, usados como herramientas y armas.

Sala C:

• Sala Arqueología del Arcaico de 30 m²
• Periodo Arcaico
• 7 mil 500 a mil 500 años antes del presente
• Aquí se muestran recreaciones de los complejos culturales denominados concheros, costumbres funerarias y manifestaciones gráficas rupestres de los antiguos pobladores de Baja California, así como elaboradas piezas de piedra, hueso y concha para uso ritual y cotidiano.

Sala D:

• Sala Arqueología Prehistoria Tardía de 24 m²
• Periodo Prehistoria Tardía
• Mil 500 a 400 años antes del presente (año 1590 después de Cristo)
• Espacio en el que se recrean y presentan objetos y actividades fundamentales en la vida cotidiana de los antiguos pobladores: una habitación denominada wa, herramientas de trabajo, la recolección de la bellota, así como un conmovedor collar de piedra y concha con algunas piezas fundidas durante el rito funerario de la cremación de un infante; algunas vasijas de cerámica, cuya aparición es característica de esta etapa; una punta de proyectil de un centímetro de largo, finamente elaborada en cuarzo transparente, entre tantas otras piezas de hueso, concha y madera.

Etnografía
La antropología sociocultural estudia la cultura de las sociedades de una manera integral, toma en cuenta cada uno de los aspectos que la conforman como las creencias y valores, la economía, la política, las instituciones y el entorno ambiental. Nuestro país, como muchos otros, es multicultural pues hay culturas indígenas, regionales y extranjeras conviviendo en el mismo territorio nacional.

• La etnografía es el método o la forma en que la antropología sociocultural aborda el estudio de la diversidad cultural o de uno de los aspectos que conforman la cultura, y se puede representar mediante la descripción y la interpretación de estos aspectos. La etnografía se desarrolla principalmente, a través del trabajo de campo y la observación participante, pues así se logra un conocimiento profundo de las sociedades y las diferentes culturas.

Sala E:

Sala Grupos Nativos de Baja California de 24 m²

Actualmente viven cuatro grupos nativos descendientes de los antiguos pobladores, asentados en parajes con encinales y en lugares que habitaron sus ancestros:

• Los cucapá están ubicados principalmente en El Mayor Cucapá y en Pozas de Arvizu, Sonora
• Los kumiai en San José de la Zorra, San Antonio Necua, La Huerta y Juntas de Nejí
• Los paipai en Santa Catarina y San Isidoro
• Los kiliwa en Arroyo del León.

En este espacio se pueden apreciar los trabajos artesanales más comunes de cada comunidad y la diversidad de sus paisajes y manera de integrarse con ellos a través de sus lenguas, todas ellas en alta amenaza de desaparecer.

Sala F:

Sala Historia de 24 m²

La etapa misional en Baja California

La época misional en Baja California tuvo sus inicios en el momento en que los jesuitas iniciaron sus labores en 1697; cuando éstos fueron expulsados los franciscanos fueron los encargados de los trabajos de evangelización, y finalmente los dominicos laboraron hasta mediados del siglo XIX. La colección de la época de las misiones, tiene en su haber fragmentos de cerámica china, restos de cera para calafatear las naves marinas y herramientas y prendas de vestir usadas por los grupos nativos al momento del contacto con los misioneros.

Cuenta con dos salas de exposiciones temporales:

• Área de las Crujías de 63 m²
• Originalmente en la época del cuartel militar en esta área estaban los dormitorios de los soldados, las barracas; posteriormente al momento de fungir como cárcel municipal fueron las crujías

• Área de la Pieza del Mes de 16 m²
• De esta área sólo conocemos su función durante la época de la cárcel, celda de los celadores

15 de mayo de 1995