El museo comparte con la biblioteca un edificio construido en 1940 para servir de escuela. El exterior, en el que destaca su pórtico, es una versión provinciana del art decó, muy usada en la época del nacionalismo artístico mexicano. El interior, sin embargo, se resuelve de la manera tradicional de Comitán: un patio rodeado de corredores. Un busto del músico esteban Alfonso adorna el patio.
El discurso narra la historia prehispánica de la región de los altos de Chiapas. La visita inicia con la época de los grupos cazadores-recolectores, el inicio del sedentarismo. La cerámica y primeras sociedades estratificadas. El apogeo de la cultura maya. La consolidación de las grandes rutas de comercio controladas por ciudades-estado. Los grandes centros de la región continúan su desarrollo, a pesar de que en otras áreas se vivió un derrumbe de los centros políticos y religiosos. El apogeo de la zona arqueológica de Tenam Puente.

Cuenta con dos salas de exhibición permanentes:

Sala Principal (sala 1) de 176.45 m ²

• Muestra la secuencia cultural de la región de los altos orientales de Chiapas. De manera esquemática se representaron las primeras ocupaciones de cazadores recolectores de acuerdo a las evidencias recuperadas en los calles de Teopisca, Amtenango y Aguacatenango fechada en el año 8000 a.C.

• Sección de periodo preclásico y sección de periodo clásico

Sala Tenam Puente de 18.67 m²

• Se exhiben objetos que denotan un intercambio con regiones de la costa del Golfo y el Soconusco. Otros materiales como alabastro fueron depositados acompañando a los enterramientos humanos

Cuenta con una sala de exhibición temporal:

Sala de exposiciones temporales de 78.67 m²

• Espacio dispuesto para exposiciones de diferentes temáticas

28 de agosto de 1993