Este inmueble funcionó como lugar de descanso en el traslado de los virreyes desde o hacia la capital novohispana; incluso se utilizó en ceremonias de cambio de bastón de mando. Durante la guerra de Independencia, la casa fue ocupada por un regimiento militar que salvaguardaba el camino. El actual nombre de este recinto —el cual cuenta con un monumento dedicado a José María Morelos y Pavón— se debe a que en este lugar fue fusilado esta figura de la Independencia de México.

En 1933, el recinto fue declarado monumento histórico. El 1 de enero de 1990, fue inaugurado como museo y tiempo después comenzó con su labor de vinculación cultural en la comunidad.

En la planta baja se muestra la exposición permanente dedicada a Morelos. En la planta alta, en la que se ubicaban las habitaciones dedicadas para la recepción y descanso de las autoridades virreinales, actualmente, se encuentran las salas para exposiciones temporales.

En el jardín posterior se localiza la Capilla de San Juan Alcahuacan, la cual se calcula que haya sido construida en el siglo XVII, que se utiliza para conciertos, exposiciones temporales, conferencias e impartición de talleres.

Asimismo, en el recinto se muestra la osamenta de un mamut, la cual se recuperó en 1995. A nivel mundial, destaca la estructura que soporta la osamenta, y cuya producción se basó en dos aspectos primordiales: el respeto a la conservación de cada una de las partes, en la que se evitó cualquier perforación de los huesos, y la capacidad de montaje y desmontaje de las piezas sin volver rígido el conjunto.

1 de enero de 1990