El acervo de esta biblioteca es considerable ya que está integrado por las siguientes colecciones: consulta, publicaciones periódicas, Tesis, Folletos, Mapas, Microformatos y la Colección General, agrupándose en esta sección el fondo reservado Rafael García Granados y parte de los fondos Pedro Bosch Gimpera, Juan Comas y Manuel Maldonado Koerdell, así como las publicaciones en serie y los códices y obras raras o agotadas. Como biblioteca especializada enriquece sus colecciones con publicaciones relacionadas principalmente con las áreas de historia de México, historia universal, historia de América, historia de España, historiografía, teoría de la historia, historia de las religiones, artes plásticas, ciencias sociales y otras afines a la principal.

En 1954 se creó la biblioteca. El cambio de sus instalaciones se realizó en 1986 a la Ciudad de la Investigación en Humanidades, donde comparte desde aquel entonces el edificio con el Instituto de Investigaciones Estéticas. La biblioteca ha sufrido dos remodelaciones arquitectónicas, la primera tuvo lugar en 1996-1997 y la segunda en 2004-2006.
El núcleo original de su acervo lo constituye la donación de la colección particular de Rafael García Granados, fundador del Instituto y en cuyo honor la biblioteca lleva su nombre. A esta donación se fueron agregando otras donaciones importantes, como han sido las colecciones de Juan Comas, Manuel Maldonado Koerdel, Peter Gerhard, H. Pittschman, el Legado Miguel Muñoz, la Hacienda Ysita Rubio, Ernesto de la Torre Villar y Jesús de Garritz.
Las colecciones con las que cuenta la Biblioteca son: la colección de consulta, la colección general, la colección hemerográfica, las bases de datos Hermes e Histórica, el Fondo Reservado, la colección