En 1976 es creada la Asociación Bibliotecas Mexicanas A.C., por el Gobierno Federal y un grupo de organismos públicos y privados que adquirieron parte de la biblioteca formada por José Ignacio Conde y Díaz-Rubín en la casa que perteneció a Don Valentín Gómez Farías. Su finalidad fue albergar un acervo bibliográfico especializado en historia de México y fue el antecedente de lo que hoy es el Instituto de Investigaciones Dr. José María Luis Mora, creado por decreto presidencial en 1981.

En 2004, la Biblioteca es nombrada “Ernesto de la Torre Villar”, en honor a quien fue el primer Director del Instituto en la sede Plaza. En 2013, el Instituto adquirió el edificio ubicado en la calle de Poussin, Colonia San Juan Mixcoac, como la cuarta sede. En 2017 se inauguró la Sede de Poussin del Instituto y, en 2019, se abre la Sala de consulta “Ana Buriano Castro” en honor a quien fue Coordinadora de la Biblioteca e Investigadora del Instituto.