Situado en la parte central de la península de Baja California, el santuario contiene ecosistemas excepcionalmente interesantes. Las lagunas costeras de Ojo de Liebre y San Ignacio son importantes sitios de invernada y reproducción de la ballena gris, la foca del puerto o moteada, el lobo marino de California, el elefante-foca del norte y la ballena azul. Las lagunas son también el hogar de cuatro especies de tortugas marinas en peligro de extinción.

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