Está ubicado en una finca rural de descanso construida por hacendados porfirianos a finales del siglo XIX, en el Centro Histórico de Tlaltizapán, donde el general Emiliano Zapata instaló un cuartel durante la Revolución Mexicana. Entre los usos que ha tenido desde su construcción, destacan el de bodega y molino de arroz y oficina de cultura municipal. El inmueble fue remodelado y adaptado como museo en 1969 e inaugurado el 10 de abril del mismo año. El concepto museográfico es autoría del licenciado Valentín López González y del maestro Jorge Cázares. Fue reinaugurado el 13 de agosto de 2003, en ocasión de la conmemoración luctuosa de los Mártires de Tlaltizapán. Exhibe fotografías, monedas y objetos de la época, con énfasis en la vida y obra de Zapata.
Entre la colección destaca la indumentaria con la que el Caudillo del Sur fue asesinado el 10 de abril de 1919 en la hacienda de Chinameca.

Cuenta con una sala de exhibición permanente

• La Exposición se llama Emiliano Zapata Salazar El Caudillo del Sur y muestra algunas de las pertenencias que fueron utilizadas por el General Emiliano Zapata, como su pantalón y calzón de manta que traía el día de su asesinato

Cuenta con una sala de exhibición temporal

• El contenido temático de las exposiciones temporales es variado: fotografía, arte contemporáneo, escultura, instalación, etc.

10 de abril de 1969