El Museo de Historia Natural se encuentra ubicado en la planta baja del edificio central de la Universidad de Guanajuato, en el espacio que ocupó por muchos años la imprenta universitaria. Este cambio se realizó con el fin de darle un espacio más amplio y digno a esta colección.
Cuenta con 5 salas de exhibición, una sala de usos múltiples, tienda y oficina, área para resguardo de la colección, baños y un patio donde se llevan a cabo los talleres.

La primera sala está dedicada a ser una remembranza a lo que fue el antiguo gabinete de historia, donde se puede apreciar a un armadillo, el lince el esqueleto humano, el lagarto entre otros ejemplares exhibidos.
La segunda sala se representa al ambiente marino desde corales a equinodermos, tiburones, tortugas y más especies donde se observa la majestuosidad animal marina.
La tercera sala es de la evolución donde los ejemplares en conjunto con la sucesión de estos son usados como evidencia de que la evolución es un proceso que realmente ocurre.
Sobre extinciones, que es la cuarta sala, se encuentran especies raras y nunca vistas y especies en riesgo de sufrir el mismo desenlace catastrófico.
La quinta sala muestra a Guanajuato con sus 400 años de historia humana, en interacción con su fauna y flora.

1 de enero de 1999