Este espacio se abrió al público el 8 de junio de 1984 y está orientado a la exhibición de piezas arqueológicas encontradas en el sitio, así como a ofrecer una panorámica general sobre los orígenes de las culturas que se asentaron en la región durante la época prehispánica. Parte del acervo está compuesto por dos importantes colecciones, una reunida por el profesor Rosendo Taracena y la otra por el poeta Carlos Pellicer.

El recinto ha sido adecuado, tanto en su espacio físico como en su propuesta museográfica. Para la reinauguración de 1994, se contó con la participación de los arqueólogos Román Piña Chan, Ricardo Armijo y Mario Pérez. En 2012 se realizó una nueva restructuración museográfica, que incluyó un guion actualizado a cargo de Ricardo Armijo y Miriam Judith Gallegos, una segunda sala de exhibición, piezas arqueológicas nunca antes expuestas y la climatización de las dos salas de exposición permanente.

Cuenta con dos salas de exposiciones permanentes:

• Sala 1 (de 380 m²)
Se muestran piezas arqueológicas, mediante las cuales es posible conocer la manera en que las y los habitantes de la antigua Joy Chan vestían, comían y practicaban el comercio.


• Sala 2 (de 470 m²)
Se exhiben, además de piezas arqueológicas, como varias impresionantes vasijas y entierros correspondientes a Comalcalco, piezas etnográficas y fotografías, las cuales hacen referencia a la región conocida como la Chontalpa, en la cual se encuentra inserta Comalcalco.

No cuenta con salas de este tipo.

8 de junio de 1984