Se localiza en el área del Parque Agua Azul anteriormente funcionó como museo infantil, coordinado por el DIF Jalisco. Fue remodelado durante los años de 1999 y 2000 por el arquitecto Xavier Massimi Malo. El Museo de Paleontología de Guadalajara abrió sus puertas el 14 de febrero de 2000. Presenta una muestra importante de la megafauna pleistocénica del centro occidente de México, y es el resultado del trabajo de varias décadas del ingeniero Federico A. Solórzano Barreto. El concepto museográfico fue diseñado por los especialistas Roberto Cuétara y Óscar J. Polaco.

Cuenta con siete salas permanentes denominadas:
Jalisco en el Universo,
La ciencia de la paleontología
Los fósiles como fuente de información
Patrimonio paleontológico de Jalisco
Fauna pleistocénica de la cuenca de Zacoalco
Presencia del hombre prehistórico en Jalisco
El gonfoterio del lago.
El museo es sede de un centro de investigación paleontológica.

Ofrece visitas guiadas para grupos escolares o para visitantes en general, conferencias, talleres, espectáculos culturales. Cuenta con auditorio, sanitarios, paquetería y estacionamiento.

14 de febrero de 2000