Forma parte de las instalaciones del Convento de Capuchinas, construido durante la segunda década del siglo XVIII y que al paso de los años funcionó también como cuartel, última prisión del emperador Maximiliano de Habsburgo, casa-habitación, academia comercial y oficinas de gobierno.
El espacio que ocupa fue construido exprofeso con un diseño del arquitecto Ignacio Mariano de las Casas y el bachiller José Torres Vergara. La construcción estuvo a cargo de la Dirección de Sitios y Monumentos de la Secretaría de Desarrollo Urbano y Obras Públicas en el año 2000; el concepto museográfico fue elaborado por el profesor Manuel Oropeza. Abrió sus puertas el 14 de agosto de 2003 como un sitio de atracción turística y cultural en el que pueden conocerse importantes aspectos de la historia de Querétaro y del país en general.

En sus seis salas permanentes destacan el Escudo Nacional Republicano correspondiente a 1873, un retrato al óleo de don Juan Caballero y Osío (s. XVIII), un cuadro alusivo a la rendición de Maximiliano en el Cerro de las Campanas (1945), el plano de la ciudad de Querétaro de 1796 y otro retrato al óleo de don Benito Juárez (1900).

Cuenta con dos salas para exposiciones temporales y dos salas interactivas de computación.

Tiene auditorio y biblioteca.
Organiza conciertos, conferencias, presentaciones editoriales, talleres y visitas guiadas.

14 de agosto de 2003