La edificación —monumento emblemático de la ciudad— data de finales del siglo XVI. En el siglo XVII se habilitó como defensa, aduana, almacén y único muelle autorizado por la Corona española para realizar actividades portuarias.

En 1961, por decreto presidencial, el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) tomó custodia del inmueble. El museo se abrió al público el 1 de noviembre de 1984. En 1980, se inició el Proyecto Integral para el Rescate y Restauración de la Fortaleza, y en 2012 concluyó una de las etapas más importantes: la rehabilitación de la Plaza de Armas y la apertura de un nuevo museo en el edificio denominado Casa del Gobernador, ubicado en el lado oriente de la Plaza de Armas.

El acervo en exhibición está compuesto por más de 200 bienes arqueológicos e históricos del estado.

Cuenta con tres salas de exhibición permanentes:

• Dos salas de arqueología dedicadas a las antiguas culturas del Golfo, al entorno natural, al culto al cuerpo, al juego de pelota, a los dioses y ritos, a la colección Manatí y al comercio.



• Una sala histórica en la que se aborda el primer contacto con los españoles, la piratería, los ingenieros militares, las rutas marítimas y la época del Arsenal Nacional.

Cuenta con una sala de este tipo en la que se presentan principalmente exposiciones itinerantes de la Coordinación Nacional de Museos y Exposiciones del INAH, así como de otras instituciones públicas.

1 de noviembre de 1984