La biblioteca cuenta con un acervo especializado en ciencias naturales que apoya las actividades de investigación, docencia y vinculación de la institución. Además, resguarda colecciones especiales, entre las que destacan la Colección ECOSUR, integrada por la producción científica institucional; la Colección Frosur, especializada en los estados de la frontera sur de México, Guatemala y Belice, y la Colección de Tesis, que reúne los trabajos académicos derivados de los programas de posgrado de ECOSUR.

La biblioteca dispone de mapoteca, hemeroteca, sala de exposiciones, colecciones especiales, biblioteca digital y colección de consulta, además de espacios destinados a la consulta y el estudio. Asimismo, desarrolla actividades de extensión y difusión, entre las que destacan la realización de ciclos de conferencias y talleres.

Originalmente, la biblioteca formó parte del Centro de Investigaciones de Quintana Roo (CIQROO), institución estatal dedicada a la investigación científica. En 1995 se integró a El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), centro público de investigación de carácter federal.