El nombre original del sitio se desconoce. La parte central de la ciudad se encuentra rodeada por la laguna Om. Chakanbakán es el nombre de otra laguna situada al norte del sitio arqueológico, proviene de la lengua maya y significa rodeado de sabana.
La ciudad maya de Chakanbakán está considerada dentro de la extensión geográfica del estilo Río Bec, sin embargo, el estilo imperante en el sector nuclear es el Petén. Aparentemente el sitio arqueológico no ha sido estudiado con anterioridad al INAH; las primeras investigaciones de esta institución, efectuadas por Fernando Cortés, se producen a partir de los años ochenta.

Se ubica a 90 kilómetros de Chetumal, capital del estado de Quintana Roo. Para llegar a ella se toma la carretera federal Chetumal - Escárcega (núm. 186) rumbo a la aduana situada cerca de los límites de Quintana Roo y Campeche, hasta llegar al entronque del poblado de Caobas, el visitante debe dirigirse a este poblado, en cuyo trayecto se localiza la entrada a Chakanbakán, por donde hay que recorrer 1 km de carretera asfaltada y 1 km de terracería. Las visitas deben solicitarse por anticipado al Centro INAH Quintana Roo situado en la capital del estado.

Chakanbakán se construyó en un lugar estratégico que permitió repeler con facilidad cualquier ataque externo. Las características topográficas de la región son excepcionales, y la distribución de las construcciones le permitían a los habitantes estar a salvo en caso de inundaciones y huracanes. Los pobladores vivían de la cacería, la agricultura, la pesca y el comercio. El orden de la organización social, política y económica ayudó a la formación de vínculos con ciudades regionales y externas distantes (por ejemplo, urbes del altiplano central). A pesar de su importancia local, esta ciudad no era autonoma. El poder político, social y económico se localizaban en la capital regional "Calakmul".

Al igual que otras ciudades mayas, Chakanbakán fue abandonada de manera inexplicable. Durante el Posclásico, el Nohochbalam (pequeño templo en la cima de la pirámide, en donde continuaron realizándose rituales y depositándose ofrendas a deidades), siguió atrayendo a los habitantes de la región. Cuando los conquistadores europeos llegaron, la ciudad ya había sido abandonada y nunca más volvió a recuperarse.